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含有懸浮物、殘余氯、鈣、鎂及其他金屬離子、硫化物、有機物的水樣本會產生干擾，總氮測定儀會對含有這些物質的水樣本進行適當處理，以消除對測定的干擾。
1、除余氯 若樣品結構中含有包括余氯，加入可以適量的硫代硫酸鈉標準溶液（0.35％），每0.5mL可除去0.25mg余氯，可用不同淀粉-碘化鉀作為檢驗學生是否已經除盡。
2、絡合掩蔽 酒石酸鉀鈉可以通過消除鈣鎂離子的干擾。
如果水樣混濁，在100ml 水樣中加入1.0 ml 10% 硫酸鋅溶液和0.1ー0.2 ml 25% 氫氧化鈉溶液，調整 ph 值至10.5左右，用已用無氨水*洗凈的中速過濾紙混合沉淀過濾。倒掉主濾液20.0毫升。
4、蒸餾法 用凝聚沉淀和絡合掩蔽后，樣品仍渾濁和帶色，則采用傳統蒸餾法處理水樣。
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